ACB được ra mắt tại Hội nghị Bộ trưởng Ngoại giao không chính thức ASEAN lần thứ 9 vào ngày 27 tháng 9 năm 2005. Hiệp định cũng thành lập Quỹ Đa dạng sinh học ASEAN với sự đóng góp tình nguyện của AMS, các chính phủ và tổ chức khác theo sự phê chuẩn của Hội đồng quản trị. Quỹ sẽ được sử dụng để đáp ứng các chi phí của Trung tâm và những sáng kiến khác nhau của Trung tâm. Tổng thống Philippines Gloria Macapagal-Arroyo đã đề nghị với Chủ tịch Thượng nghị viện và các thành viên của Thượng viện về việc phê chuẩn Hiệp định Nước chủ nhà (HCA) giữa Chính phủ Cộng hòa Philippines và Trung tâm Đa dạng sinh học ASEAN. Được kí kết vào ngày 8 tháng 8 năm 2006 tại Manila, HCA quy định rằng Philippines sẽ là Quốc gia đăng cai tổ chức ACB, hiện có trụ sở chính tại Đại học Philippines ở Los Baños, Laguna.

Được sự đồng tình của Thượng viện, Chính phủ Philippines sau đó sẽ dành quyền miễn trừ và đặc quyền cho ACB và nhân viên của trung tâm. Bộ Môi trường và Tài nguyên thiên nhiên (DENR), Bộ Tài chính (DOF), Cục Nhập cư (BI), Bộ Giao thông và Truyền thông (DOTC), Bangko Sentral ng Pilipinas (BSP), và Đại học Philippines Los Baños (UPLB) đều tán thành việc phê chuẩn HCA.